病原微生物高通量检测基于宏基因组学技术（mNGS），即宏基因组二代测序。mNGS不依赖于传统的微生物培养，当患者受到外源病原微生物感染时，在其感染部位采集的标本中同时包含人源核酸和外源病原微生物核酸，利用mNGS技术通量高的特性可一次性并行获取标本种的人源核酸序列信息和外源病原微生物核酸序列信息，将获得的序列与人类基因组序列库和病原体微生物基因组序列库进行比对注释，即可实现病原微生物的鉴定。

真菌和细菌在传统病原微生物检测技术中主要的方式是培养，病毒主要为血清学检测与PCR检测，有偏性，靶标固定，阳性率低且周期长，灵敏度低且检测目标范围窄，难以检出罕见或新发病原微生物。而mNGS不需培养，检测是无偏性的，周期短且阳性率高，可检测罕见病原体、生长缓慢细菌/真菌、苛养且不典型病原体、病毒分型、混合感染。